Els departaments i seminaris que conformen la docència de l'IES Joan d'Austria són:

• Aula d'Acollida
• Aula Oberta 
• Biologia i Geologia
• Ciències Socials
• Clàssiques. Llatí i Grec
• Dibuix
• Educació Física
• Filosofia
• Física i Química
• Informàtica
• Llengua Anglesa
• Llengua Francesa
• Llengua i Literatura Castellana
• Llengua i Literatura Catalana
• Matemàtiques
• Música
• Psicopedagogia
  
• Religió
• Tecnologia